雙邊科技合作協議的訂定是希望經由政府間合作，來協助或補充學者間自行接觸交流之不足，以促進或加速某些雙方均具優勢的領域或學門之交流及合作。雙邊協議下之科技合作活動應不與非雙邊交流之功能相重疊。較佳的分工策略是，鑑於過去國際合作研究計畫數偏低，未來應藉雙邊協議的機制加強促進國際共同合作研究計畫的形成，而在雙邊協議下的短期訪問及雙邊研討會，其功能應不同於非雙邊下之同類活動，須以促成雙邊合作研究計畫的形成為首要目的。八十九年度已核准的國合計畫計有33件，總經費NT$55,225,000,其中依協議執行的有23件，使用大型儀器的有3件，自行聯繫的則有7件。而雙邊研討會預計有四十~五十場之多，領域則包含各個重點。雙邊科技合作協議的另外一個重要任務，是在國際社會中，引進國外各級研究人員來台參與研究，其中也包含開發中或未開發國家。

        目前進行的有精儀中心的研究訓練計畫與台美暑期研究生研習計畫。補助我方各級研究人員赴國外進行短中長期的研究也是雙邊協議的另一重點，目前除了每年利用雙邊機制爭取國外合作單位對我一般研究人員補助的名額與預算外，針對我國博士後的研究訓練也在規劃中，美國德州醫學中心，加拿大國家研究委員會均在協商中，預期八十八年底即可簽約執行。

        我們未來將繼續與這些已簽約國家發展相關科技合作活動外，也會擴大接觸範圍，希望藉由國際合作的科技活動，使台灣早日達到科技島的目標。